Caso de Éxito

Instituto de Investigación en Biomedicina (IRB Barcelona), España

 

¿Cuál es el enfoque de la investigación de su laboratorio?

Nuestro objetivo es proporcionar a la comunidad investigadora del IRB Barcelona y sus colaboradores herramientas y metodologías de última generación para el análisis de EM de una amplia gama de especies biológicas, desde grandes proteínas y ADN hasta pequeñas moléculas. El objetivo final es conocer la identidad, la estructura, la interacción con otras moléculas y la función biológica de estas moléculas para ayudar en el diseño de fármacos, elucidar el mecanismo de las proteínas y la búsqueda de biomarcadores. Hemos implementado métodos especializados en proteómica descendente y somos pioneros en esta estrategia de EM en España.

Como instalación central, somos responsables de trabajar con diferentes moléculas biológicas y estamos obligados a cambiar los métodos de manera constante y eficiente.

¿Cómo funciona TriVersa NanoMate?® se alinea con sus objetivos de investigación?

Originalmente, compramos el TriVersa NanoMate® por su modo de infusión directa basado en chip para el análisis de interacción no covalente, pero aprendimos rápidamente que podría aplicarse a otras áreas de nuestra investigación. Antes de usar TriVersa NanoMate®, los pasos involucrados en la recolección de fracciones eran dolorosos y requerían mucho tiempo. Con TriVersa NanoMate®, podemos ejecutar LC/recolección de fracciones o infusión sin cambiar la configuración y perder tiempo con la estabilización. No experimentamos los problemas típicos con las fuentes tradicionales de nanoelectrospray.

Un aspecto del TriVersa NanoMate® lo que nos impresionó fue la capacidad de analizar muestras complicadas de arriba hacia abajo con la compatibilidad con LC. No es posible analizar estas muestras en una escala de tiempo de LC, y la capacidad de recolección de fracciones nos permitió analizar de una manera que antes no era posible.

¿A quién recomendaría TriVersa NanoMate?® para su investigación?

Usamos el TriVersa NanoMate® para todo; interacciones no covalentes, top-down, mid-down, bottom-up, infusión básica, LC acoplada a recolección de fracciones. El instrumento es útil en todas sus diferentes configuraciones, especialmente sin tener que cambiar las fuentes y esperar una pulverización estable.

La confiabilidad del sistema es uno de los mayores beneficios, especialmente para las personas que tienen que cambiar con frecuencia entre aplicaciones. Hemos encontrado que la función de detección de rociado es muy valiosa porque sabemos que nuestras preciosas muestras no se perderán.

¿Tiene alguna publicación o presentación usando TriVersa NanoMate?®?

Destacado de la publicación

Caracterización de proteoformas de protamina de esperma humano mediante una combinación de enfoques de espectrometría de masas de arriba hacia abajo y de abajo hacia arriba
Soler-Ventura et al. J Proteome Res, 2020, 19 (1), 221-237. DOI: 10.1021 / acs.jproteome.9b00499
Se identificó el perfil de proteoformas de protamina de espermatozoides, incluidas sus modificaciones postraduccionales, en individuos normozoospérmicos utilizando un enfoque de MS de arriba hacia abajo y un enfoque de MS de abajo hacia arriba basado en la digestión de proteinasa-K.

Otras publicaciones
  • Arauz-Garofalo y col. Caracterización de protaminas mediante proteómica descendente: potenciando la identificación de proteoformas con DBSCAN. Proteoms, 2021. DOI: 10.3390 / proteomas9020021
  • Yero y col. La Pseudomonas aeruginosa La proteína de unión al sustrato Ttg2D funciona como un transportador de glicerofosfolípidos general a través del periplasma. Comm Bio, 2021. DOI: 10.1038/s42003-021-01968-8
  • Molnar y col. El lector de código de histonas PHD finger protein 7 controla las disparidades ligadas al sexo en la expresión génica y la malignidad en Drosophila. Sci Adv, 2019. DOI: 10.1126 / sciadv.aaw7965
  • Nadal y col. Estructura del dominio de unión al ligando del receptor de andrógenos homodimérico. Nat Commun, 2017. DOI: 10.1038 / ncomms14388
  • Testoni y col. La falta de glucogenina provoca acumulación de glucógeno y deterioro de la función muscular. Metabolismo celular, 2017. DOI: 10.1016 / j.cmet.2017.06.008
  • Izquierdo-Serra et al. Control óptico de los receptores endógenos y la excitabilidad celular mediante el uso de fotointerruptores covalentes específicos. Nat Commun, 2016. DOI: 10.1038 / ncomms12221
  • Pujol-Pina y col. El análisis SDS-PAGE de los oligómeros Aβ está mermando la investigación sobre la enfermedad de Alzheimer: apelando a ESI-IM-MS. Sci Rep, 2015. DOI: 10.1038 / srep14809
  • Saez et al. Influencia de PPh3 resto en la actividad anticancerígena de nuevos complejos organometálicos de rutenio. J Inorg Biochem, 2014. DOI: j.jinorgbio.2014.03.002
  • Borg y col. Evaluación del recuento espectral del rango dinámico de proteínas en el líquido cefalorraquídeo después de la depleción con columnas de inmunoafinidad diseñadas con plasma. Clin Proteomics, 2011. DOI: 10.1186/1559-0275-8-6

Marta Vilaseca, PhD