Proteómica integrada de arriba hacia abajo / de abajo hacia arriba para la caracterización de isoformas de proteínas

Presentado por: Ljiljana Paša-Tolić, Ph.D., Laboratorio de Ciencias Moleculares Ambientales, Laboratorio Nacional del Noroeste del Pacífico

Descripción: Obtener una cobertura de secuencia extendida de proteínas intactas y caracterizar múltiples sitios de modificación postraduccional (PTM) puede plantear desafíos técnicos clave. En este seminario web, describimos cómo hemos implementado las tecnologías TriVersa NanoMate® y RePlay® de Advion para abordar estos problemas utilizando un enfoque integrado de arriba hacia abajo / abajo.

Demostramos cómo se utilizan las capacidades de TriVersa NanoMate de ionización de electropulverización (ESI) basada en chips y recolección de fracciones para perfilar isoformas, investigar más a fondo las proteínas específicas a nivel intacto utilizando ECD o CID, realizar proteómica de abajo hacia arriba en una fracción recolectada para tener confianza identificaciones de proteínas, realizar MS / MS objetivo en fracciones particulares de interés, y caracterizar mejor dónde pueden haber ocurrido PTM.

También discutimos cómo RePlay simplifica el proceso de análisis de datos al permitirle ver la correlación entre la proteína intacta y los péptidos observados, incluso cuando tiene una muestra limitada. Usando RePlay, incorporamos una estrategia de digestión en línea con el enfoque integrado de arriba hacia abajo / de abajo hacia arriba. Esta técnica le permite implementar LC-MS / MS durante la ejecución intacta y una ejecución RePlay secundaria con digestión, para que pueda ver la correlación en el tiempo entre los iones parentales observados y los iones digeridos, así como la MS / MS del fragmentos de iones.