
Fournisseurs d'instruments
Spécification de masseThermo Scientific Orbitrap® Instruments
Échantillonnage de produits: TriVersa NanoMate LESA®
Auteurs
Josh Coon, docteur en philosophie
Université du Wisconsin-Madison et CeleramAb™
Daniel Eikel, docteur en philosophie
Advion Interchim Scientifique®
Introduction
Contrairement aux médicaments à petites molécules, les produits biologiques (ou protéines thérapeutiques), tels que les anticorps, peuvent être des médicaments très puissants car ils ciblent les voies biologiques avec une spécificité bien plus élevée. Ceci permet de traiter des maladies complexes comme le cancer, les maladies auto-immunes ou les troubles métaboliques, tout en réduisant les effets secondaires indésirables. Une caractérisation précise de ces produits biologiques – notamment leur structure, leurs modifications post-traductionnelles, leur stabilité et leur activité – est essentielle pour garantir leur innocuité, leur efficacité et leur homogénéité entre les lots de production. Même de petites modifications du repliement des protéines, dues par exemple à la modification chimique d'un seul acide aminé, peuvent altérer la fonction d'une protéine thérapeutique, voire déclencher des réactions immunitaires indésirables. Des méthodes analytiques rigoureuses guident donc la conception optimale, la fabricabilité et le contrôle qualité. Une caractérisation précise facilite également l'obtention des autorisations réglementaires et contribue à l'identification de biomarqueurs ou de mécanismes susceptibles d'améliorer l'efficacité thérapeutique et le pronostic des patients.
Nous décrivons ici une approche de caractérisation des protéines/anticorps basée sur une digestion enzymatique standardisée dans des plaques à 96 puits, l'injection rapide des peptides générés dans des spectromètres de masse à haute résolution et l'analyse automatisée des données pour la caractérisation complète de la séquence protéique jusqu'à 1000 mAbs par jour (Figure 1).
Advion Interchim Scientifique® Systèmes


TriVersa NanoMate LESA® avec puce ESI® Technologie

Figure 1: En combinant la technologie de CeleramAb™ et Advion Interchim Scientific® créer une approche d'analyse thérapeutique des protéines basée sur la digestion enzymatique des protéines, l'infusion directe MS, MS/MS et le traitement automatisé des données pour atteindre un débit de 1000 mAbs par jour.
Concepts et expériences
Les protéines thérapeutiques peuvent se dégrader sous l'effet de divers facteurs tels que le temps, les variations de pH, l'exposition à la lumière ou à la chaleur, entraînant des modifications des acides aminés le long de la séquence peptidique du médicament biologique. Ces modifications, comme la désamidation, l'oxydation ou la pyrolyse, peuvent altérer le repliement et la fonction de la protéine. La figure 2 illustre les modifications typiques observées sur un anticorps. D'autres modifications de la glycosylation, de la phosphorylation ou de l'état d'oxydation des résidus Cys-Cys ont également un impact sur le repliement et la fonction du produit biologique. Toutes ces modifications doivent donc être étudiées, caractérisées et, en définitive, contrôlées et maintenues de façon systématique afin de garantir l'efficacité du nouveau médicament.
Figure 2Les protéines thérapeutiques peuvent se dégrader en fonction de divers facteurs tels que le temps, les variations de pH, l'exposition à la lumière ou à la chaleur, entraînant des modifications des acides aminés le long de la séquence peptidique du médicament biologique, des modifications telles que la désamidation, l'oxydation ou la pyrolyse.
Une méthode courante d'analyse des séquences protéiques consiste en la digestion enzymatique de la protéine en ses peptides constitutifs, suivie de leur analyse par LC-MS/MS. La chromatographie sépare les peptides au cours du temps, et la spectrométrie de masse permet l'analyse spectrale des peptides, générant des ions de fragmentation et donc des informations sur la séquence. Historiquement, ces analyses LC-MS/MS étaient longues (30 à 120 minutes en moyenne) et nécessitaient un traitement hors ligne approfondi des données pour obtenir une couverture complète de la séquence et une caractérisation précise de la protéine. Ces deux facteurs limitaient fortement le nombre d'échantillons pouvant être traités quotidiennement et, indirectement, le nombre d'expériences menées sur des protéines thérapeutiques.
Au lieu de la LC-MS/MS, une méthode chronophage, nous présentons une approche automatisée utilisant la spectrométrie de masse par infusion directe (DI). Cette approche est devenue viable grâce aux spectromètres de masse modernes, dont le temps de cycle est considérablement réduit pour les expériences MSn. Elle permet une haute précision et une haute résolution de masse, autorisant ainsi l'identification univoque des séquences peptidiques et de leurs modifications directement à partir des données MS. Le développement d'une source d'ions automatisée, basée sur la technologie ESI chip®, assure une nano-ionisation ESI homogène et très efficace. Chaque échantillon consécutif utilise un seul échantillon, une seule pointe et un nouvel émetteur nESI, éliminant ainsi toute contamination croisée. Comme illustré sur la figure 3, cette approche utilise des réactifs standardisés dans un format 96 puits pour la digestion enzymatique des anticorps, selon des protocoles reproductibles. Le système d'infusion robotisé NanoMate Triversa ionise les peptides générés et les analyse dans le spectromètre de masse, permettant ainsi d'obtenir en une minute seulement des spectres de masse riches en informations pour chaque échantillon. Le traitement des données est également automatisé grâce à un logiciel personnalisé permettant de remédier aux deux goulots d'étranglement décrits ci-dessus, ce qui permet un débit allant jusqu'à 1000 échantillons par jour.
Figure 3Schéma du flux de travail de cartographie peptidique basé sur la digestion standardisée par anticorps de la protéine thérapeutique dans des plaques à 96 puits, la spectrométrie de masse à haute résolution par infusion directe rapide et automatisée pour générer des données MS riches en informations (les données sont traitées automatiquement pour un débit de 1000 mAbs par jour).
Dispositif expérimental et méthodes
La figure 4 présente un ensemble typique d'expériences réalisées avec cette approche d'injection directe couplée à la spectrométrie de masse en tandem (DI-MS/MS). Deux échantillons différents (l'anticorps X et un anticorps standard NIST) ont été testés en triplicata afin d'évaluer leur stabilité sous l'effet de variations de température et de pH.
Après digestion standard, les échantillons ont été injectés dans le système de spectrométrie de masse (SM) comme décrit précédemment, et les données brutes de SM sont présentées. En un peu plus d'une heure, 42 échantillons, couvrant l'expérience de stabilité et les contrôles, ont été analysés. La chronologie montre des pics d'intensité des données SM pour chaque expérience d'infusion d'une minute, suivis de périodes sans données (correspondant au temps nécessaire au robot pour acheminer l'échantillon suivant vers le SM). Cette durée d'une heure est comparable au temps généralement requis pour l'analyse d'un seul échantillon par LC-MS traditionnelle.
L'analyse du peptide DTLMISR illustre le déroulement de l'analyse. La figure 5 présente les données de spectrométrie de masse (SM) de la méthionine oxydée dans la séquence peptidique DTLM(ox)ISR d'un anticorps thérapeutique. Une analyse LC-MS classique nécessiterait entre 30 et 120 minutes pour séparer le digestat protéique, suivies d'une analyse manuelle des données. En revanche, l'approche DI-MS/MS ne requiert qu'une minute d'analyse. Les deux peptides (état natif et état oxydé) sont séparés en phase gazeuse selon leur rapport masse/charge et détectés par un algorithme de décalage de masse automatisé. Le degré d'oxydation, déterminé par l'intensité ionique, est de 19.6 %, ce qui concorde parfaitement avec le résultat LC-MS. L'information est obtenue en un temps considérablement réduit.
Figure 4Exemple de séquence d'échantillons : 14 échantillons analysés en triplicata sur une durée d'un peu plus d'une heure. Les deux protéines (l'anticorps X et un anticorps monoclonal standard NIST) ont été exposées et testées dans différentes conditions (pH et température). Chaque analyse correspond à une minute d'infusion. Les données de spectrométrie de masse ont été collectées pour un traitement ultérieur, l'identification des peptides et l'analyse des modifications.


Figure 5Exemple d'analyse de données d'un acide aminé méthionine oxydé dans la séquence peptidique DTLMISR d'un anticorps thérapeutique. Une analyse LC-MS/MS classique nécessiterait 30 à 120 minutes pour séparer le digestat protéique, suivies d'une analyse manuelle des données. En revanche, l'approche par infusion directe MS/MS ne requiert qu'une minute d'analyse : les deux séquences peptidiques apparentées sont séparées en phase gazeuse et détectées par un algorithme automatisé de détection de décalage de masse. Le degré d'oxydation est déterminé par l'intensité ionique et calculé à 19.6 %, ce qui concorde parfaitement avec le résultat obtenu par LC-MS/MS, tout en étant obtenu beaucoup plus rapidement.
Conclusion
Advion Interchim Scientifique® TriVersa NanoMate® La source d'ions automatisée est l'outil idéal pour les flux de travail à haut débit dans la caractérisation des protéines thérapeutiques basée sur des stratégies de cartographie peptidique. En combinaison avec le CeleramAb™ Grâce à un kit de réactifs standardisé, des méthodes d'analyse par spectrométrie de masse et des logiciels d'analyse automatisés, nous pouvons obtenir une augmentation du débit d'un facteur 100 par rapport aux approches LC-MS standard, permettant d'analyser jusqu'à 1000 mAbs par jour.


















































































