Analyse de surface par extraction liquide Spectrométrie de masse des pathogènes ESKAPE
Auteurs: Université de Birmingham, Royaume-Uni
Abstract
Les agents pathogènes ESKAPE (Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosaet Enterobacter cloacae) représentent des espèces bactériennes cliniquement importantes qui sont responsables de la plupart des infections pharmacorésistantes nosocomiales; par conséquent, la nécessité d'une identification rapide est d'une grande importance. Des travaux antérieurs ont démontré la pertinence de la spectrométrie de masse par analyse de surface par extraction liquide (LESA-MS) pour l'analyse directe des colonies de deux des pathogènes ESKAPE (Staphylococcus aureus et Pseudomonas aeruginosa) poussant sur de la gélose. Ici, nous appliquons LESA-MS aux quatre autres espèces ESKAPE (E.faecium E745, K. pneumoniae KP257, A. baumannii AYE, et E. cloaques S11) ainsi que E. faecalis V583 (un proche parent de E.faecium) et un isolat clinique de A. baumannii AC02 utilisant un système d'échantillonnage de solvant optimisé. Dans chaque cas, la LESA MS / MS descendante a été utilisée pour l'identification des protéines. Au total, 24 protéines ont été identifiées à partir de 37 spectres MS / MS en recherchant des bases de données de protéines pour les espèces individuelles. Les spectres MS / MS pour les protéines identifiées ont ensuite été recherchés par rapport à plusieurs bases de données de plusieurs espèces dans un flux de travail d'analyse de données automatisé en vue de déterminer l'exactitude de l'identification des inconnus. Sur 24 protéines, 19 ont été correctement attribuées au niveau des protéines et des espèces, ce qui correspond à un taux de réussite d'identification de 79%.
LESA-MS a été réalisée à l'aide du Advion Interchim Scientific® TriVersa NanoMate®.