Protéomique intégrée de haut en bas et de haut en bas pour la caractérisation des isoformes de protéines

Présenté par: Ljiljana Paša-Tolić, Ph.D., Laboratoire des sciences moléculaires de l'environnement, Laboratoire national du Nord-Ouest du Pacifique

Description: L'obtention d'une couverture de séquence étendue de protéines intactes et la caractérisation de plusieurs sites de modification post-traductionnelle (PTM) peuvent poser des problèmes techniques essentiels. Dans ce webinaire, nous décrivons comment nous avons implémenté les technologies TriVersa NanoMate® et RePlay® d’Advion afin de traiter ces problèmes en utilisant une approche intégrée descendante / ascendante.

Nous montrons comment les capacités de TriVersa NanoMate en matière d’ionisation par électrospray (ESI) et de collecte de fractions à base de puces sont utilisées pour profiler les isoformes, approfondir la recherche de protéines ciblées au niveau intact à l’aide de ECD ou de CID, effectuer une protéomique ascendante sur une fraction collectée pour rester confiant. l’identification des protéines, effectuer une MS / MS ciblée sur des fractions d’intérêt particulières et mieux caractériser les endroits où les PTM ont pu se produire.

Nous expliquons également comment RePlay simplifie le processus d'analyse des données en vous permettant de voir la corrélation entre la protéine intacte et les peptides observés, même lorsque votre échantillon est limité. À l’aide de RePlay, nous avons intégré une stratégie de digestion en ligne à l’approche intégrée descendante / ascendante. Cette technique vous permet d’implémenter LC-MS / MS pendant l’analyse intacte et l’analyse secondaire avec RePlay, ce qui vous permet de voir la corrélation dans le temps entre les ions parents observés et les ions digérés, ainsi que la MS / MS du système. ions fragmentés.