チップベースナノエレクトロスプレー質量分析法を用いた少数細胞を対象とした新しい安定同位体分解メタボロミクス法
抽象
安定同位体分解メタボロミクス（SIRM）は、特定の標的の代謝変換情報を提供することができ、細胞代謝研究のための強力なツールです。SIRMの一般的な分析プラットフォームはクロマトグラフィー質量分析ですが、これは多数の細胞を必要とし、貴重な希少細胞の分析には適していません。少数の細胞を研究するために、チップベースのナノエレクトロスプレー質量分析（MS）を用いた新しいSIRM法を確立しました。13C-グルタミンを例にとると、非標識および13C標識細胞を96ウェルプレートで培養・抽出し、MSに直接注入し、フルスキャンモードおよび並列反応モニタリング（PRM）モードで分析し、44種類のグルタミン由来代謝物とその同位体置換体をターゲットとしました。PRMで生成された焦点を絞った代謝物関連MS2フラグメントを定義するために、MS2の正確なm/zマッチング、MS2の偽陽性フィルタリング、および干渉するMS2イオンを除去するためのMS2フラグメントグループ化を含む新しい戦略が提案されました。正イオン化モードでは合計292対、負イオン化モードでは合計349対のMS2イオンが得られた。スペクトルデータベースを検索することにより、31種類の対象代謝物とその同位体を特定し、MS2定量において特徴的なプロダクトイオンを確認した。MS2定量によって相対定量が達成され、一般的なMS1ベースの定量よりも優れた感度と精度を示した。最後に、この方法をイソクエン酸脱水素酵素I変異神経膠腫細胞に適用し、U-13C-グルタミンを標識基質として用いて、トリプトライドが神経膠腫細胞の代謝に及ぼす影響を明らかにした。
Advion Interchim Scientific® トリバーサ ナノメイト® (Advion、ニューヨーク州イサカ) を利用しました。