Integrierte Top-down/Bottom-up-Proteomik zur Charakterisierung von Protein-Isoformen
Präsentiert von: Ljiljana Paša-Tolić, Ph.D., Labor für Umweltmolekularwissenschaften, Pacific Northwest National Laboratory
Beschreibung: Die Erzielung einer erweiterten Sequenzabdeckung intakter Proteine und die Charakterisierung mehrerer posttranslationaler Modifikationsstellen (PTM) können große technische Herausforderungen darstellen. In diesem Webinar beschreiben wir, wie wir die TriVersa NanoMate®- und RePlay®-Technologien von Advion implementiert haben, um diese Probleme mithilfe eines integrierten Top-Down/Bottom-Up-Ansatzes anzugehen.
Wir demonstrieren, wie die Fähigkeiten des TriVersa NanoMate zur chipbasierten Elektrospray-Ionisation (ESI) und Fraktionssammlung genutzt werden, um Isoformen zu profilieren, gezielte Proteine auf intakter Ebene mithilfe von ECD oder CID weiter zu untersuchen und eine Bottom-up-Proteomik an einer gesammelten Fraktion durchzuführen, um Sicherheit zu gewinnen Proteinidentifizierungen, führen Sie gezielte MS/MS für bestimmte interessierende Fraktionen durch und charakterisieren Sie besser, wo PTMs aufgetreten sein könnten.
Wir diskutieren auch, wie RePlay den Datenanalyseprozess vereinfacht, indem es Ihnen ermöglicht, die Korrelation zwischen dem intakten Protein und den beobachteten Peptiden zu sehen, selbst wenn die Probenmenge begrenzt ist. Mit RePlay haben wir eine Online-Verdauungsstrategie mit dem integrierten Top-Down/Bottom-Up-Ansatz integriert. Mit dieser Technik können Sie LC-MS/MS sowohl während des intakten Laufs als auch eines sekundären RePlay-Laufs mit Aufschluss implementieren, sodass Sie die zeitliche Korrelation zwischen den beobachteten Elternionen und den aufgeschlossenen Ionen sowie die MS/MS der aufgeschlossenen Ionen sehen können Fragmentionen.
