Success Story

Institut de recherche en biomédecine (IRB Barcelona), Espagne

 

Quel est l'objet de la recherche de votre laboratoire?

Notre objectif est de fournir à la communauté de recherche de l'IRB Barcelone et à ses collègues des outils et des méthodologies de pointe pour l'analyse de la SEP d'un large éventail d'espèces biologiques, des grandes protéines et de l'ADN aux petites molécules. Le but final est d'avoir un aperçu de l'identité, de la structure, de l'interaction avec d'autres molécules et de la fonction biologique de ces molécules afin d'aider à la conception de médicaments, à l'élucidation du mécanisme des protéines et à la recherche de biomarqueurs. Nous avons mis en place des méthodes spécialisées dans la protéomique descendante et nous sommes pionniers dans cette stratégie de SEP en Espagne.

En tant qu’installation principale, nous sommes chargés de travailler avec différentes molécules biologiques et nous devons changer de méthode de manière constante et efficace.

Comment fonctionne le TriVersa NanoMate® cadrer avec vos objectifs de recherche ?

À l'origine, nous avons acheté le TriVersa NanoMate® pour son mode d'infusion directe sur puce pour l'analyse des interactions non covalentes, mais nous avons rapidement appris qu'il pourrait être appliqué à d'autres domaines de notre recherche. Avant d'utiliser le TriVersa NanoMate®, les étapes de collecte des fractions étaient pénibles et chronophages. Avec le TriVersa NanoMate®, nous pouvons exécuter la collecte ou la perfusion LC/fraction sans modifier la configuration et perdre du temps avec la stabilisation. Nous ne rencontrons pas les problèmes typiques des sources traditionnelles de nanoélectrospray.

Un aspect du TriVersa NanoMate® ce qui nous a impressionnés était la capacité d'analyser des échantillons descendants complexes avec la compatibilité LC. Il n'est pas possible d'analyser ces échantillons sur une échelle de temps LC, et la capacité de collecte de fractions nous a permis d'analyser d'une manière qui n'était pas possible auparavant.

À qui recommanderiez-vous le TriVersa NanoMate® pour leurs recherches ?

Nous utilisons le TriVersa NanoMate® pour tout; interactions non covalentes, top-down, middle-down, bottom-up, perfusion basique, LC couplée à la collecte de fractions. L'instrument est utile dans toutes ses différentes configurations, notamment sans avoir à changer de source et à attendre un spray stable.

La fiabilité du système est l’un des plus grands avantages, en particulier pour les personnes qui doivent changer fréquemment d’application. Nous avons trouvé la fonction de détection de pulvérisation très utile car nous savons que nos précieux échantillons ne seront pas perdus.

Avez-vous des publications ou des présentations utilisant le TriVersa NanoMate®?

Point culminant de la publication

Caractérisation des protéines de protamine de sperme humain grâce à une combinaison d'approches de spectrométrie de masse descendante et ascendante
Soler-Ventura et coll. J Proteome Res, 2020, 19 (1), 221-237. EST CE QUE JE: 10.1021 / acs.jproteome.9b00499
Identifié le profil des protéoformes de protamine de sperme, y compris leurs modifications post-traductionnelles, chez les individus normozoospermiques en utilisant une approche de MS descendante et une approche MS ascendante basée sur la digestion par protéinase K.

Autres publications
  • Arauz-Garofalo et coll. Caractérisation de la protamine par protéomique descendante: renforcement de l'identification des protéoformes avec DBSCAN. Protéoms, 2021. DOI: 10.3390 / proteomes9020021
  • Yero et coll. le Pseudomonas aeruginosa la protéine de liaison au substrat Ttg2D fonctionne comme un transporteur général de glycérophospholipides à travers le périplasme. Comm Bio, 2021. DOI: 10.1038/s42003-021-01968-8
  • Molnar et coll. Le lecteur de code d'histone PHD finger protein 7 contrôle les disparités liées au sexe dans l'expression génique et la malignité chez la drosophile. Sci Adv, 2019. DOI: 10.1126 / sciadv.aaw7965
  • Nadal et coll. Structure du domaine de liaison au ligand du récepteur des androgènes homodimère. Nat Commun, 2017. DOI: 10.1038 / ncomms14388
  • Testoni et coll. Le manque de glycogénine entraîne une accumulation de glycogène et une altération de la fonction musculaire. Métabolisme cellulaire, 2017. DOI: 10.1016 / j.cmet.2017.06.008
  • Izquierdo-Serra et coll. Contrôle optique des récepteurs endogènes et de l'excitabilité cellulaire à l'aide de photoswitches covalents ciblés. Nat Commun, 2016. DOI: 10.1038 / ncomms12221
  • Pujol-Pina et coll. L'analyse SDS-PAGE des oligomères Aβ nuit à la recherche sur la maladie d'Alzheimer: un appel pour ESI-IM-MS. Sci Rep, 2015. DOI: 10.1038 / srep14809
  • Saez et coll. Influence de PPh3 partie de l'activité anticancéreuse des nouveaux complexes organométalliques du ruthénium. J Inorg Biochem, 2014. DOI: j.jinorgbio.2014.03.002
  • Borg et coll. Évaluation par comptage spectral de la plage dynamique des protéines dans le liquide céphalo-rachidien après épuisement avec des colonnes d'immunoaffinité conçues par plasma. Clin Proteomics, 2011. DOI: 10.1186/1559-0275-8-6

Marta Vilaseca, PhD