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タンパク質アイソフォームの特性化のためのトップダウン/ボトムアップ統合プロテオミクス

 
タンパク質アイソフォームの特性化のためのトップダウン/ボトムアップ統合プロテオミクス

提供は: LjiljanaPaša-Tolić、Ph.D。、環太平洋分子科学研究所、太平洋岸北西部国立研究所

説明: 無傷のタンパク質の広範な配列カバレッジを取得し、複数の翻訳後修飾(PTM)部位を特徴付けることは、重要な技術的課題をもたらす可能性があります。 このウェビナーでは、統合されたトップダウン/ボトムアップアプローチを使用してこれらの問題に対処するために、AdvionのTriVersaNanoMate®およびRePlay®テクノロジーを実装した方法について説明します。

TriVersa NanoMateのチップベースエレクトロスプレーイオン化(ESI)およびフラクションコレクションの機能を使用してアイソフォームのプロファイルを作成し、ECDまたはCIDを使用してターゲットレベルのタンパク質をさらに調査し、収集したフラクションでボトムアッププロテオミクスを実行して自信を得る方法を示しますタンパク質の同定、目的の特定のフラクションでターゲットMS / MSを実行し、PTMが発生した可能性のある場所をよりよく特徴付けます。

また、サンプルが制限されている場合でも、無傷のタンパク質と観察されたペプチドの相関関係を確認できるようにすることで、RePlayがデータ分析プロセスを簡素化する方法についても説明します。 RePlayを使用して、統合されたトップダウン/ボトムアップアプローチでオンライン消化戦略を組み込みました。 この手法により、完全な実行と消化を伴う二次的なRePlay実行の両方でLC-MS / MSを実装できるため、観測された親イオンと消化されたイオン、およびMS / MSの時間の相関を確認できますフラグメントイオン。